临床快速基因组测序的应用有效性再添佐证!

随着二代测序成本的快速下降和技术的越趋成熟,把全基因组和全外显子测序也逐步地推向了临床应用。近两年,行业的一个热点讨论:将快速全基因组或者全外显子检测应用到重病婴儿的诊断的有效性,也就是对来自NICU的患儿,采用快速的rWGS或者rWES方法试图尽快明确病因。

美国圣地亚哥的拉迪儿童基因组医学研究所于2018年率先将rWGS应用到重症新生儿中,并相信这是一个可行的临床一线的诊断性检测。近日,该研究团队比较了rWGS和rWES对患有未明疾病的重症婴儿的有效性。研究小组招募了200多名患病婴儿参与试验,其中24人病情严重,进行了超高速全基因组测序,其余的患儿随机进行了rWGS或rWES。研究结果发表在近日的《美国人类遗传学杂志》上。

基因组测序进展:临床快速基因组测序的应用有效性再添佐证

在这项试验中,研究人员招募了更多的婴儿。此前,临床测序研究的重点是NICU的婴儿,他们患有未知但疑似遗传疾病。在这里,研究人员使用了更广泛的纳入标准,例如,排除了那些被认为基因诊断不太可能改变其临床管理的婴儿,或者那些患有败血症但对治疗反应正常的婴儿,一共有213名婴儿参与了这项研究。

其中11%的婴儿由于病情太重,无法进行随机分组,而是接受了urWGS,因为该方法能够提供最快的诊断路径。其余189名婴儿中,95名随机接受全外显子组测序,94名进行全基因组测序,均在进入NICU后96小时内完成了测序。

rWES和rWGS的诊断率相似,分别为19%和20%。两组患者的诊断时间接近,约为12天。但是,研究人员发现了rWES和rWGS在分析性能上的差异。相比WES,WGS能检测到更多的编码变异、被怀疑影响蛋白质功能的变异、被ClinVar分类为致病或可能致病的变异。虽然这两种方法有相似的诊断率,但研究人员认为,随着专家解释非编码致病性和结构变异的能力提高,通过WGS和WES诊断的疾病比例的差异可能会改变。目前,解读的主要是编码蛋白的变异。

基因组测序进展:临床快速基因组测序的应用有效性再添佐证

然而,研究人员注意到,如果将一个婴儿分配到全外显子组测序组中,该患儿的肾发育不良(aplasia 3)将会被遗漏,因为受影响的GREB1L基因不包含在全外显子组测序中。与此同时,urWGS的诊断率为46%,平均诊断时间为2.3天,研究人员表明,这将会是一项有价值的一线的检测。